学校で現在Flashを教えています。
モーショントゥイーンを中心にここまででほぼ9割終了しているのですが、テキストにモーションエディタやボーンツールによるインバースキネマティクス（IK）なども載っているのでそれぞれ時間を作り2時間ずつやりました。
これが意外と受けがよく、積極的に取り入れてみようという生徒さんが多いです。
ただ、個人的にはモーションエディタもボーンツールもそこそこ使えればOKだと思っています。

というのは、Flashの最新バージョン「Flash CC」に置いて、モーションエディタ及びボーンツールがなくなってしまったから。
詳しくは上記リンク先より引用。

24. 削除された機能  ActionScript 1、2のサポート  TLFテキスト  モーションエディター  ムービーエクスプローラー  プロジェクトパネル  プロファイラー  Device Central  プロジェクタ書き出し  SWF／Fireworks PNG／BMP／TIFF／DXFの読 み込み  AIFF／AU／ASNDの読み込み  印刷  オブジェクトレベルの取り消し  ツールパネルのカスタマイズ  ステージからライブラリまたは他のアプリ ケーションへのドラッグ＆ドロップ  IK／ボーンツール
25. 削除された機能  パターン描画ツール／スプレーブラシツール  アクションパネルのツールボックス  スクリプトアシスト  Kulerパネル  ビヘイビアーパネル  ストリングパネル  外部エディターで編集  JSFLのコードヒント  条件付きコンパイルのUI  自動保存  ステージでのVideo Playbackプレビュー  ビデオのキューポイント作成  FXGの読み込み／書き出し  ファイル情報（XMPメタデータ）  スペルチェック  CSXS  スクリーンを共有

まあ、ずいぶんと思い切ったダイエットをしてくれたもんです。
個人的にはHTML5書き出しに対応させるための前準備であると予測していますが、実際はどうなんでしょう？

もっとも、モーションエディタもボーンツールもFlashからは無くなっても別の動画編集アプリには付いているので、その入門としてやってみるのはいいと思います。
が、しかし、本家Flashの最新版で無くなってしまったというのは大きい。
せっかくやる気になっている生徒さんのモチベーションを下げさせてしまうわけにもいかず、なかなか「Flash CCでなくなっている。」とは言えずに困ってます。

そもそもからして、自分たちがFlashバリバリやっていた頃はボーンツールやモーションエディタどころか、モーショントゥイーンの仕様自体違ってました。
とっても使いづらいモーショントゥイーンだったことを覚えています。
そんな時代ですら（だからこそ？）多くのFlashサイトが生まれてきたわけです。
つまり、Flashにおいてはモーションエディタもボーンツールもいらないといえばいらないんですね。

ただし、繰り返しますが、学んでいて損することはありませんので、「Flash CC」でなくなってしまうツールであっても、しっかり学んでおくことは需要。 
Webデザイナーだけではなく、動画編集という道も開けてくることでしょうね。