画像切り替えのタイミングが違っているので比較するのが難しいかもしれませんが、
画像切り替え時のクロスフェードの部分をみると一目瞭然です。

ただしこれはお互い初期設定で書き出した場合、
Flashでもしっかり設定をしてあげればもう少しましなgifアニメも作れます。
そもそもgifアニメにクオリティを求めるのもどうかと。

それぞれどうやってgifアニメを書き出すかですが、

Photoshopであれば「ファイル」→「Web用に保存」（CS6の場合）となります。
一部アニメーションの設定（ループオプション等）をして「保存」。

Flashの場合は「ファイル」→「パブリッシュ設定」と行き、「Gifイメージ」にチェックを入れます。

で、「Gifイメージ」の細かい設定をして「パブリッシュ」をクリックです。
ここで、色数及びディザの設定をしっかりしておくともう少しクオリティの高いgifアニメも作れます。

なお、「Photoshopでどうやって動画を作るの？」という人もいるでしょうから、編集時の画面も載せておきます。


こんな感じ。

なんと、最近のPhotoshopではタイムラインでの動画編集も可能になってきています。 
ただ、各レイヤーに対して変化が加えられるのは位置、不透明度、スタイルなど限られます。

ちなみに、Flashがどんな感じかというとこんな感じ。


動画編集に関しては当然ながらFlashのほうがずっと扱いやすいし色々なことができます。
Photoshopで作れるのは簡単なgifアニメのみ。
そこはしっかり抑えておきましょう。