実はこれはワードプレス側も推奨しているようで、ワードプレスに用意されている関数に「bloginfo();」というのがあり、「<?php bloginfo('template_url'); ?>」と指定することでテンプレート用画像やJavascriptファイルの場所を指定できるようになっていて、その場所こそテーマのテンプレートのある場所だったのです。
なお、「bloginfo();」に関しての詳細は以下のサイトで詳しく解説されています。
□ Function Reference/bloginfo ≪ WordPress Codex

ではさっそくディレクトリの表記に「<?php bloginfo('template_url'); ?>」を加えていくことにしましょう。
検索置換も考えましたが、僕の場合基本的にURL表記は相対パスで書くことが多いので、ここは一つソースの見直しも含めて一つ一つ辿っていくことにしました。

□ まずはヘッダー（header.php）
javascriptで「swfobject.js」を呼び出している部分に問題あり。
↓

□ サイドバー（sidebar.php）
問題なし

□ フッター（footer.php）
swfobject関連のjavascriptの記述に問題あり。
↓

□ トップページ（index.php）
問題なし

□ コンテンツページ（page.php）
問題なし

意外と使っていなかったので助かりました。
唯一、FlashまわりにJS外部ファイル（swfobject.js）を使っていたのですが、これは実はトップページのみ関係するファイルなので、ヘッダー（header.php）、フッター（footer.php）に書かれている該当部分を、全てトップページ（index.php）に書きこむことにしました。
で、できたものがこちら。
□ index.php

ところがこれだけではまだ解決しません。
CSSのディレクトリ階層も変わってしまっているためCSSに書かれたimagesフォルダの場所も書き換えなければなりません。
こちらにはphp表記は使えないので相対パスで指定します。

元々は「images」と同じ階層の「cssjs」フォルダに入っていたCSSファイルだったので「images」の場所が「../images」と表記されていますが、これをwordpressテーマのCSSに変えたので「./images」ないし「images」に書き変えればいいのです。

以上でちゃんとした場所に外部ファイルを格納することができました。
引き続き、コンテンツデザインをやっていきます。