被リンクSEOに関しては自動スクリプト等で管理しちゃうのが一番でしょうが、その上で以下のことに注意したほうがいいです。

■ なるべく良質なサイトからリンクを張ってもらう。

これの基準になるのがグーグル（Google）のページランクです。
最近では直接SEOにはあまり関係ないと言われていますがサイトの質の判断基準としては利用できます。
ページランクはブックマークレット等を使って確認することができます。

ただし、ページランクにこだわり続けるのも問題。
ページランクはあくまでもグーグル（Google）の出している指標です。
したがってページランクがゼロであっても決して効果がないというわけではありません。

最近は良質なリンクを売りにしているSEO業者も増えてきました。

■ 同じドメイン内からのリンクよりも別ドメイン

例えばmixiから、ツイッターからたくさんリンクされるよりもリンクの貼られていないサイトからのリンクの方が重要になります。
そういう意味では多くのSNSやブログ等に登録してプロフィールなどにリンクを入れるのは有効です。
ただし、クローズドのSNSでは意味がありません。（多くのSNSはクローズドです）

また、さらに厳密に言うとIPアドレスが絡んできていて同じIPアドレスからの被リンクは評価が低くなります。
たとえば、さくらインターネットのレンタルサーバーでマルチドメインとして複数のドメインを使っている場合はIPアドレスが同じものになるのであまり効果は期待できません。

■ リンクにつかうテキストがキーワード

リンクに使うテキスト（<a>タグで囲まれた部分）をキーワードにすることでSEOになります。
この場合、文章になっていなくても問題ありません。
成功報酬型のSEO業者の取っている手法はおそらくこのキーワードリンク増産です。
いずれにしてもリンクを貼る際のテキスト（文章）にはこだわりましょう。

■ 一気にリンクを増やすよりも少しづつじっくりと

スクリプトは便利ですが使いすぎに注意しましょう。
一気にリンクを増やすとスパムと判断されてしまう可能性もあります。

結果として、上記のことに注意して被リンクSEOをやっていくには人的作業が一番いいのではないかと思います。
もちろん、自動スクリプトと併用してもいいかもしれません。
ぶっちゃけ、僕はそこまではやってませんけど。。