Googleでは、検索結果に「このサイトはコンピュータに損害を与える可能性があります。」と表示されることがあります。
Googleにこの機能が実装されていたのは知っていたのですが、実はこの表示見たことありません。
そういえば、過去に検索結果全てにこの表示が出てしまうといったトラブルがありましたね。
Googleのありとあらゆる検索結果に「このサイトはコンピュータに損害を与える可能性があります」と表示される事態が発生 - GIGAZINE

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ではこの表示は何が原因で出てくるのか?、そして無視してアクセスするとどういったことが起こるのでしょうか?

まずは無視してアクセスした場合どうなるか?
これは、実際やってしまった人のブログを読んでいただくのが一番かと思います。
ダンディーダイアリー2.0 Googleで、「このサイトはコンピュータに損害を与える可能性があります。」って警告しているサイトをクリックしてみた。
仕方がねぇから久しぶりにOSを再インストールしちまった!!!
やっぱあれだな!!!
人の忠告はきちんと聞くべきだな!!!
と言った結末に。
再インストールまでの流れを簡単に説明すると
「ブルースクリーン」→「タスクマネージャー起動不能」→「アクセス権限の剥奪」→「10種類近くのウイルスファイルが検出」→「復旧せず」→「再インストール」
と言った具合。
この人の場合、最初からウイルス検知ソフト等を入れてなかったようですが、かなり危険だと言うことは分かっていただけると思います。

では、Webサイトがどういった状態にあるとこの表示が出るのでしょう?
まずは、googleのヘルプより
インデックスに登録されたコンテンツに関する問題 : 「このサイトはコンピュータに損害を与える可能性があります」と表示される検索結果 - ウェブ検索 ヘルプ
コンピュータに不正なソフトウェアがインストールされる可能性があると Google が判断した検索結果のサイトに表示されます。
サイトにアクセスしただけでソフトウェアがインストールされてしまうような仕組みになっているサイトは危険です。
そのソフトウェアがどんなものかはあまり関係ないような気がします。

具体的にどのような技術が危ないかと言うと

1.Javascript

Javascriptを使うと不正なソフトウェアをインストールさせることができるようです。
したがって、Javascriptを頻繁に使う人は注意が必要。
ただし、簡単なプログラムであれば殆ど問題ないレベルだとおもいます。
ActiveXやFlashとの連動。通信関連の命令等が危険な気がします。

2.インラインフレーム(iframe)

インラインフレームで危険なサイトを呼び出している場合です。

3.リンク

危険なサイトへリンクを貼っているだけで「このサイトはコンピュータに損害を与える可能性があります」と言われることがあるようです。

4.ウイルス・トロイの木馬

直接的ではないのですが、おそらくこれが原因としては一番多いのではないかと思います。
近頃猛威を振るっている「GENOウイルス」は、Webサイトを見ただけで感染し、FTPへのログイン情報を奪われる可能性があります。
それが原因で身に覚えのないJavascriptやiframeがHTMLファイルに書き込まれるといったことも考えられます。
また、GENOウイルスでなくても、サーバー自体がトロイの木馬などに感染している可能性も考えられます。

【参考】「このサイトはコンピュータに損害を与える可能性があります」という表示について|Sphinn Japan Blog

ま、なんにせよ、そういったサイトに遭遇したことがありませんので、普通にサイト制作をしていればまず問題ないと思います。
むしろ、ウイルス対策をしっかりした方がいいでしょうね。