というのは、最適化をしたことでメッセージが一部消えてしまったのだ。
会社でメインで使っているメールアドレスだけになんとかならないものかと一騒動。
いろいろ調べて何とか復活に成功したのですが、今回はその手順をお教えします。

0. 念のためOutlook Expressはじめ開いているアプリケーションを全て終了。
1. 拡張子を表示させ、全てのファイルとフォルダを表示させる。
1-1. 左下の「スタート」上で右クリック→「エクスプローラ」。
1-2. 「ツール」→「フォルダオプション」。
1-3. 「表示」タグをクリックし、
1-4. 「登録されている拡張子は表示しない」のチェックを外し、
1-5. 「ファイルとフォルダの表示」→「全てのファイルとフォルダを表示する」をチェック。
1-6. 「OK」をクリック。
2. ゴミ箱の中にある「Folders.bak」「受信トレイ.bak」（もしくは「メールの消えたフォルダ名.bak」）を右クリックして「元に戻す」
3. 「C:\Documents and Settings\ユーザー名\Local Settings\Application Data\Identities\英数字の羅列\Microsoft\Outlook Express」を開く。
4. 中にある「Folders.dbx」と「受信トレイ.dbx」を削除し「Folders.bak」「受信トレイ.bak」をそれぞれ「Folders.dbx」と「受信トレイ.dbx」にリネームする。
5. あとは先ほど「1」でした設定を元に戻してOutlook Expressを起動すればOKです。

OSのバージョンやOutlook Expressのバージョンによっては各ファイルの場所が違う可能性もあるので、
ゴミ箱の中に「Folders.bak」や「受信トレイ.bak」がなかったり、指定の場所に「Folders.dbx」や「受信トレイ.dbx」がなかったりしたら検索してみてください。
最適化によってdbxファイルが壊れてしまっているのでbak（バックアップファイル）と置き換えれば元に戻るという仕組みです。

なお、壊れてしまったdbxファイルをできるだけ復旧させるツールもあるようです。
bakファイルが見つからなかったり、bakファイル自体が壊れてしまった場合は試してみるといいでしょう。
□DbxRescue(Windows95/98/Me / インターネット＆通信)

ちなみに上記の問題、McAfeeを使っていると良く起こるようで、
実際、McAfeeを入れたことでこの現象がおこりました。
それぞれのバージョンはMcAfee Virus Scanが12.0。Outlook Expressが6.00.2900.2180です。
McAfeeのサポートでは2004年9月9日（Ver4.5.1）の地点、Microsoft側も2006年3月1日の地点で確認している事象みたいですが、
お互いに責任のなすりあい状態で未だに完全に解決していないようです。

□Windows標準のOutlook Expressを使っていて受信ボックスからメールが消えることがある。 - マカフィー
□Outlook Express の電子メール メッセージが受信トレイからなくなる - Microsoft