質問者さんは「自然界は弱肉強食なのに社会は法律等で弱者を生かすような仕組みになっている」として、「優れた遺伝子が生き残るという自然の摂理に反しているのでは？」と考えているようです。
なるほど、考え方としては間違っていないようにも感じます。
だったら、弱者は抹殺したほうがいいのか？

いえ、違います。
何故なら自然界は「全肉全食」だからです。

つまり、じゃんけんの法則ですね。
一般的に百獣の王なんて言われているライオンだってなんらかの菌に感染して病気になれば死にますし、
死ねば何かの虫だったり動物だったりの餌になります。

で、これが非常に大切なことなのですが、「適者生存」だということです。
こちらに関しては回答者さんの文章を引用させて頂きます。

 「強い者」が残るのではなく、「適した者」が残るんです
（「残る」という意味が、「個体が生き延びる」という意味で無く「遺伝子が次世代に受け継がれる」の意味であることに注意）
（中略）
１０年生き延びて子を１匹しか生まなかった個体と、１年しか生きられなかったが子を１０匹生んだ個体とでは、後者の方がより「適者」として「生存」したことになります

つまり、強いものが生き残るのではなく、適したものが生き残るのだということです。
そう考えると、ライオンなどよりもゴキブリの方がよほど凄い生物だということになりますよね。

さて、これを社会に置き換えるとどんなことが言えるでしょう？
「適した者」とは社会性の高いものといえるでしょう。
で、社会性とは具体的にはどういったことかというと、

高度に機能的な社会を作り、その互助作用でもって個体を保護する
個別的には長期の生存が不可能な個体（＝つまり、質問主さんがおっしゃる"弱者"です）も生き延びさせることで、子孫の繁栄の可能性を最大化する、、、、という戦略です

つまり、どんな人でも幅広く快適に生きれるような社会をつくり上げる能力ということのようです。

そしてこれが極めつけに「なるほど」な言葉。

「優秀な遺伝子」ってものは無いんですよ
あるのは「ある特定の環境において、有効であるかもしれない遺伝子」です

考えてみたらそうですよね。

仮に凄い足の早い遺伝子を持っている人がいたとして、その人はオリンピックなどでは優秀な成績をだすかもしれませんが、別の環境では（例えば水の中）それが全く役に立たない。
頭の凄いいい人がいて、大学ですごい研究をしているのですが、一般企業に入ったら接客の一つもできない。

そういう意味で、今の社会は自然の摂理にのっとった最も自然な状態であるといえるのです。
「弱肉強食」なんてのはありません。
弱者を排除する、抹殺するなんてのは社会性の低い人間の行為。 
つまり、そういった人間こそ、排除、抹殺されるべき人間であるということでしょうね。