ダイナマイトや原子力を発明した人が罪に問われないのと同様、当然ながら開発だけでは罪には問われません。
問題は配布方法にあったようで、そのあたりは上記記事に以下のようにありました。

「雑誌などで悪用方法を紹介した」というくらいでは足りませんが、実態調査を経るなどして、「かなりの数の著作権侵害が発生しているのは確実」と認識された場合は、ソフトの提供を中止しなければならない

つまり、悪用利用を前提とした配布は当然ながらNG。
でないにしても、悪用利用がかなりの確率で行われているという認識のもとに配布してもNGになる可能性があるということです。
つまり、どの程度の悪用利用があってそれを開発者がどの程度把握していたかがポイント。
当初90％以上と言われていた悪用利用の確率ですが結果としては40％台ということがわかり、さらに、開発者は悪用利用を促していない（むしろしないようにと注意喚起していた）という事実も判明、無罪となったようです。

一方で利用者は有罪になることが多いです。（当然ながら認識の上で著作権侵害を犯した場合）
先日も、一斉摘発を行なっていました。
□ 全国集中一斉取締りを実施！共有ソフトで著作権侵害30人逮捕 - ITライフハック - ライブドアブログ
当然ですね。
包丁職人は逮捕されませんがそれを使って殺人を犯したら逮捕です。

Winnyというツールは青酸カリや拳銃にも似たWeb上の非常に危険なツールです。
それを大人たちが認識していないのも問題。
まあ、世代が変わればいくらかマシになってくるのでしょうがその前にまた同じような事件が起きそうな気もします。

最後に、ここでもホリエモン同様出る杭が打たれてしまったわけです。
これだから日本からはGoogleやAmazonに匹敵するIT企業で生まれてこないんですよねぇ。。