もちろん、FacebookもしくはFacebookのiPhoneアプリが勝手に読みに行っているわけじゃありません。
何かの際に、どこからか連携設定をしてしまっているはずです。

気をつけなければならないのはOpenIDやAuth認証などで他サービスとの連携も簡単にできるようになってきているところ。
その時の設定を適切に行なっていないと他サービスから連絡先情報が流れてきてしまっている可能性も否定出来ないわけです。
連携好きの僕ですからどこかから漏れてしまっている可能性もなきにしもあらず。。
個人情報交換アプリBumpあたりが怪しいなぁ。。

もう一つ、実は、ツイッターやInstagram（インスタグラム）、Facebookでもやったかもしれないのですが、連絡先から友達検索ができる機能があるんです。
これを一度でも使うことでそのデータが残り、それを元に表示させているのかもしれません。

いずれにしても、「知り合いかも？」に表示されているだけでは先方には何の情報も送信されていないと思うので気にせず、「×」をクリックでいいと思います。
ただ、先方のプロフィールを見に行くとmixiでいう「足あと」みたいなものが残るかもしれません。
さらに、その情報をもとに先方の「知り合いかも？」に表示されるようになってしまうかもしれませんし。
もちろん、これをきっかけに別の関係を築くというのもアリですが。

今度機会があったらしっかり調べてみようと思います。
一番可能性が高いのは「Facebook上で連絡先から友達検索した」ことによる影響だろうなぁ。