以下の二つの記事を一つにまとめたもの+αです。
ネット上で募金ができるサイトとそうでないサイトがあります。

□ [N] ネットからできる義援金(寄付・募金)の受け付けまとめ(東北地方太平洋沖地震)
□ 東北地方太平洋沖地震の募金と義援金受付先一覧: 小粋空間


オンラインで簡単に募金できるサイト
□ Yahoo! - インターネット募金「緊急災害募金」 - Yahoo!ボランティア (壁紙購入またはYahoo! ポイント)
□ TポイントとTカード(Tポイント) 
□ Goo - 東北地方太平洋沖地震被害に対する支援について - goo 募金 (壁紙購入) 
□ はてな - 東北地方太平洋沖地震義援金の受付を開始しました (はてなポイント) 
□ グルーポン(クーポン購入)
□ @nifty Web募金(壁紙購入) 
□ mixi - 「東北地方太平洋沖地震」への義援金募集について (mixiモバイルによる支援ミクコレ) 
□ Gree - グリー、「東北地方太平洋沖地震」被災者を支援するための募金受付を開始 (オリジナルアバターを購入)
□ DeNA - 「東北地方太平洋沖地震」への災害義援金募集のお知らせ (モバコイン、オリジナルアバター購入)
□ アメーバピグ - 「東北地方太平洋沖地震」に対する募金募集のお知らせ (アメGでアイテム購入)
□ ニコニコ動画 - ニコニコ動画、動画と原宿本社で募金を開始 (ニコニ広告、ニコニコ直販からも)
□ 「東北地方太平洋沖地震」義援金募集 - ハンゲーム (アイテム購入)
□ 東北地方太平洋沖地震 - 義援金を受け付けております-NEXON (NEXONポイント)
Alteil.Net (カード、アバター購入)
□ Fujisan.co.jp(クレジットカード他)
□ 【募金ギャザ】〜東日本大震災救援募金〜【ネットプライス】 (クレジットカード)
□ 東北地方太平洋沖地震の被災者の方々に、私達としてできること | GMOとくとくポイント (GMOグループの各種ポイント、クレジットカード)
□ 電子マネー「Edy(エディ)」 | Edy募金 (おサイフケータイ、電子マネー)
□ 2011年 東北関東大震災義援金募集 - WebMoney (電子マネー)
□ 東北地方太平洋沖地震義援金 - 電子マネー「BitCash」 (電子マネー)

銀行振込等
日本赤十字社
JEN - 大地震を受け、支援に向けた準備中
ジャパンネット銀行 - 東北地方太平洋沖地震災害義援金の受け付けについて
三菱東京UFJ 銀行 - 東北地方太平洋沖地震に対する義援金拠出について
□ [緊急]東日本大震災地震の被災者救済へ緊急支援を行っています - JustGiving Japan (ジャスト・ギビング・ジャパン) 寄付を集めるファンドレイジングサイト
□ 日本を応援しよう!ツイートを募集しています。 (ツイートを書籍化、販売して募金)

まとめサイト
nanapi - 東北地方太平洋沖地震にWeb/携帯から募金する方法まとめ
ライフハッカー - 東北地方太平洋沖地震の義捐金等受付先まとめ
Googleサイト - 平成23年東北地方太平洋沖地震

※3月16日数点追加