「保存（上書き保存）」「別名で保存」「別名で保存→複製を保存」どれもダメです。
「要求された操作を完了できません。プログラムエラーです。」
と言われるだけです。
「Web用に保存」はできるけどレイヤー全滅なのでそんなことできません。
JPEGファイルやEPSファイルで同様の事態が起こるようですが今回はpsdファイルです。
□M.C.P.C.: [これはひどい]PhotoshopCS2で特定条件のEPS保存すると保存できない
□［234222］JPEG 形式で保存できない（Photoshop CS2/CS3）
こういうのって最悪のバグですよね。
結局同じサイズの新規ファイルを作って全レイヤーを選択し、シフトを押しながらドラッグ＆ドロップで新しいデータを作って保存しました。
今回はネットでダウンロードしたPDFファイルをNAS上（簡易ファイルサーバーのようなもの）に置き、
それを直接PhotoShopで開いた結果起きたトラブルなので、
おそらく下記にあるようにアクセス権によるトラブルの可能性が高いと思ってます。
□ピヨピヨエディット2.0 Photoshop CSでプログラムエラー解決編
でも、文章内にあるように
仮想記憶ディスクの設定を「起動ディスク」のみにしてもダメだったんですよ。
ひょっとしたら元のPDFあたりのセキュリティがらみかもしれません。
どうもありがとう！
とりいそぎ！！！！